در روزگار سلجوقیان شرف الدین ابوطاهر قمی پس از مرمت بنا گنبدی کاشی کاری شده را بر روی قبه حرم بنا کرد و مناره ای را کنار آن ساخت در دوره خوارزمشاهیان (612 هـ ق ) روضه رضوی مورد توجه قرار گرفت که کتیبه هایی از آن زمان در حرم موجود می باشد . در زمان چنگیز بقعه دچار ویرانی شد . در زمان غازان خان و سپس سلطان محمد خدابنده الجایتو در تعمیر و تزئین حرم مطهر کوشید . در قرن هشتم بنای حرم عبارت بوده است از : حرم ، مسجد بالاسر و چند بنای کوچک متصل به ضلع شمالی و یک مدرسه ( به تصریح ابن بتوته جهانگرد معروف ) . در زمان شاهرخ تیموری و همسرش گوهرشاد حرم مطهر توسعه قابل توجهی پیدا کرد .
در این دوره سال 821 هـ ق نخستین مسجد جامع شهر مشهد با نام مسجد گوهرشاد در سمت قبله حرم مطهر بر پا شد سپس بنای «دارالحفاظ» «مسجد فرق الذکر» « دارالسیاده » و سر انجام « تحویل خانه یا خزانه بر پا شد . پیرامون مجموعه نیز سه مدرسه به نام های مدرسه پریزاد ، مدرسه بالاسر ، مدرسه دودرب ساخته شد در زمان سلطان حسین بایقرا ( 875 ـ 912) به کوشش امیر علی شیر نوایی صحن کهنه و اساس ایوان طلا به وجود آمد صحن انقلاب در زمان شاه عباس اول وسعت یافت در زمان شاه طهماسب صفوی مناره نزدیک گنبد مرمت و طلاکاری شد و در سال 932 هـ ق خشتهای نفیس کاشی روی گنبد به خشتهای طلا مبدل شد بعد از غارت خشتهای طلای گنبد در شورش عبدالمؤمن خان ازبک شاه عباس در سال 1010 هـ قبه تجدید بنای آن دستور داد که شرشح آن در کتیبه میناکاری شده دور گنبد به خط علیرضا عباسی نقش بسته است . ـ در زمان شاه عباس صحن کهنه (انقلاب ) گسترش یافت و ایوان شمالی اتاقها غرفه ها و سردرها و ایوانهای شرقی و غربی آن احداث گردید .
روضه منوره که پیکر مقدس حضرت رضا (ع) در آن مدفون است زیر گنبدی زرین و با شکوه قرار دارد و هسته مرکزی بناهای آستان قدس رضوی به شمار می آید. در سالهای آغازین به خاک سپاری پیکر پاک امام (ع) , حرم مطهر به صورت بنایی ساده با مصالح ویژه آن دوران بنا شده بود , چنان که بقعه مطهر تنها در یک در وروردی ساده در پیش روی مبارک داشت و دارای تزئیناتی مختصر به سبک آن زمان بود. صفه های اضلاع حرم به جز صفه پیش رو , به سوی خارج از بنا بسته بود. بر فراز بقعه تنها قبه ای وجود داشت. در آن سالهای دور زمین های اطراف حرم مطهر , همه خالی از سکنه بود و نوغان که یکی از دو قصبه معروف و معتبر توس بود , تنها آبادی مسکونی منطقه محسوب می شد . نظارت دقیق حکام جور بر حرکات و سکنات شیعیان , منع آنها از توجه به مرقد امام و درک فیض زیارت , موجب شد که سالها سپری شود و بنایی درخور و شایسته مضجع شریف حضرتش احداث نگردد . سرانجام سالهای سخت و سنگین به کندی سپری شد , عنایات خدای تعالی نسبت به روضه رضوی موجب شد که در آن روزهای اولیه و جو خاص آن زمان , حرم مطهر از هرگونه آسیبی محفوظ بماند تا آنجا که باب رافت خاصه حضرت بصورت بروز کرامات پی در پی و معجزات , گره از کار دردمندان و نیازآوران به درگاهش گشود , کثرت و تداوم کرامات امام موجب شد که توجه و اقبال مردم و حاکمان آن زمان به ویژه بیشتر اهالی خراسان و مناطق دیگر فزونی یابد و ارادتمندان به بقعه و بارگاه رضوی , زیارت پرفیض مرقد منورش را بر خود فرض دانسته اقدام به ساخت و مرمت و تذهیب و تزئین و حفظ و نگهداری آن بنای مقدس نمایند. در طول قرنهای مختلف , رجال کشورهای اسلامی , حکام و امرای خراسان , مردان با اخلاص و علاقه مند به مقام شامخ ولایت و امامت با صرف مبالغی در تجدید عظمت آن کوشیده اند , ضمن تزئین آن با ایجاد بناها و به جای گذاشتن آثاری این مکان شریف را مملو از جلوه های کهن هنری دوران گذشته نموده , نفایس تاریخی و شاهکارهای هنری شان را مخلصانه به این جایگاه رفیع عرضه دارند.